“廣宿主質(zhì)粒”是指至少能夠在變形菌門(mén)(Proteobacteria)的兩個(gè)亞群(例如β-, γ-)之間互相轉(zhuǎn)移并穩(wěn)定傳代的一類(lèi)質(zhì)粒,是重要的可移動(dòng)遺傳元件(mobile genetic elements)之一,在細(xì)菌基因組進(jìn)化和適應(yīng)特定環(huán)境選擇壓力過(guò)程中發(fā)揮著非常重要的作用。然而目前被分離并進(jìn)行全測(cè)序的廣宿主質(zhì)粒尚不足60個(gè),廣宿主質(zhì)粒的數(shù)據(jù)庫(kù)信息仍十分缺乏,限制了對(duì)廣宿主質(zhì)粒生物學(xué)特性及其生態(tài)功能的進(jìn)一步深入研究。因此,從環(huán)境樣品中分離新的廣宿主質(zhì)粒并進(jìn)行全基因組序列分析,仍是目前研究廣宿主質(zhì)粒最為重要的基本工作。
土壤化學(xué)組研究團(tuán)隊(duì)從環(huán)境樣品中分離廣宿主質(zhì)粒并進(jìn)行全基因組測(cè)序和遺傳進(jìn)化分析工作。其中取得的重要進(jìn)展包括,采用三親配對(duì)法,從沈撫污水灌區(qū)底泥中分離了1個(gè)廣宿主質(zhì)粒,命名為pSFA231。采用Illumina Hiseq 2000高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)該質(zhì)粒進(jìn)行了全基因組序列分析,結(jié)果表明質(zhì)粒pSFA231大小為41.5kb,包含50個(gè)開(kāi)放閱讀框架(open reading frames,orfs),是PromA 質(zhì)粒家族的第6個(gè)成員,也是從中國(guó)發(fā)現(xiàn)的第一個(gè)PromA 質(zhì)粒。根據(jù)復(fù)制起始蛋白RepA的氨基酸殘基序列以及整個(gè)骨架基因結(jié)構(gòu)DNA序列的進(jìn)化分析結(jié)果,可將PromA 質(zhì)粒家族劃分為2個(gè)亞類(lèi): PromA-α (pMRAD02, pSB102) 和 PromA-β(pMOL98, pIPO2T, pSFA231, pTer331)。研究結(jié)果在 Frontiers in Microbiology發(fā)表。
Li XB, Top EM, Wang YF, Brown C, Yao F, Yang S, Jiang Y,Li H*. 2015. The broad-host-range plasmid pSFA231 isolated from petroleum-contaminated sediment represents a new member of the PromA family. Frontiers in Microbiology, 5:777. Doi: 10.3389/fmicb.2014.00777 (IF: 3.989)




