1987年，根據(jù)中國科學(xué)院強(qiáng)化生態(tài)資源環(huán)境研究的戰(zhàn)略部署及學(xué)科需要，研究所更名為“中國科學(xué)院沈陽應(yīng)用生態(tài)研究所”。學(xué)科定位為以陸地生態(tài)系統(tǒng)為研究對象，以現(xiàn)代生態(tài)學(xué)為主攻學(xué)科，主要開展宏觀生態(tài)學(xué)、系統(tǒng)生態(tài)學(xué)、實驗生態(tài)學(xué)，生物工程與生物技術(shù)等領(lǐng)域的研究。

　　1998年，沈陽生態(tài)所根據(jù)國際應(yīng)用生態(tài)學(xué)的發(fā)展趨勢、國家生態(tài)環(huán)境建設(shè)實踐的需求、中國科學(xué)院的學(xué)科布局和我所的學(xué)科優(yōu)勢與積累，將我所的學(xué)科定位為“以應(yīng)用生態(tài)學(xué)為主攻學(xué)科，以實驗生態(tài)學(xué)方法為主要手段，重點開展森林生態(tài)學(xué)、污染生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)生態(tài)學(xué)中的物質(zhì)循環(huán)生態(tài)過程、區(qū)域農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究”。

　　2001年，沈陽生態(tài)所正式進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程試點，確立了森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程三大領(lǐng)域的學(xué)科布局。

　　2010年，沈陽生態(tài)所根據(jù)中國科學(xué)院“創(chuàng)新2020”總體部署，制定了研究所“一三五”規(guī)劃。

　　2015年，按照中國科學(xué)院“率先行動”計劃的要求和研究所分類改革的統(tǒng)一部署，沈陽生態(tài)所成功進(jìn)入中國科學(xué)院“特色研究所”建設(shè)首批試點研究所，進(jìn)入新的歷史發(fā)展時期。2018年，順利通過特色研究所建設(shè)驗收。

　　建所以來，圍繞國家農(nóng)業(yè)、林業(yè)可持續(xù)發(fā)展、生態(tài)與環(huán)境建設(shè)中急需解決的重大問題和應(yīng)用生態(tài)學(xué)的發(fā)展需要，沈陽生態(tài)所在森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程領(lǐng)域開展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性研究，豐富和發(fā)展森林生態(tài)學(xué)、農(nóng)田生態(tài)學(xué)和污染生態(tài)學(xué)的基礎(chǔ)理論，為我國主要退化生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)與重建，改善生態(tài)與環(huán)境，保障食物安全提供科學(xué)依據(jù)與關(guān)鍵技術(shù)。共獲得省部級以上獎勵230余項，其中國家獎33項，省部級獎202項；出版專著288部；發(fā)表論文7700余篇，其中SCI論文2326篇；授權(quán)專利500項。